文章题目：肠道化生的时空基因组分析揭示胃癌进展的克隆动态
发表时间：2023年12期
期刊名称：Cancer Cell
影响因子：5.03
实验平台：单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）、批量RNA测序
针对性面板：定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中与胃、食道和结直肠癌相关的突变基因）

样本信息

本研究涉及2,980名中国患者，年龄均在50岁及以上，样本收集的时间跨度为2004年至2015年，覆盖多个胃部区域，包括幽门、胃体和贲门。

研究设计

本研究设计采用了高通量技术，主要通过单细胞空间组学技术进行深入分析。

单细胞空间组学的应用

在单细胞测序方面，我们对10名非癌症患者的scRNA-seq数据进行了分析，识别出四个主要细胞类型：胃细胞、肠道细胞、免疫细胞及基质细胞。研究重点放在胃和肠道谱系，通过亚群注释识别出2种胃细胞和4种肠道细胞。分析结果显示，肠道细胞与胃细胞的比例减少与肠道化生严重程度直接相关。此外，基因SOX9在特定细胞类型（包括胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中呈高表达，这一发现为胃癌的研究提供了新的生物标志物。

GeoMx DSP分析

在GeoMx DSP分析中，我们选取了8例GC患者的组织切片进行检测，并结合单细胞RNA测序数据确定了不同细胞类型的空间分布。根据富集分析结果，干细胞主导型的肠道化生区域表现出氧化磷酸化基因集的过表达，而这些基因也在胃癌区域显著表达。通过对肠干细胞和肠细胞的标记物进行层次聚类分析，我们发现干细胞主导型的肠道化生区域与胃癌细胞具有相似的表达特征，而肠细胞主导型肠道化生则表现出显著的异质性，说明在同一患者体内，肠道化生的表现差异显著。

研究总结

综合本研究的单细胞空间数据分析结果，我们确立了肠道细胞和胃细胞与肠道化生严重程度之间的关系，并揭示了干细胞主导型肠道化生区域与恶性细胞群相似的表达特征。特别是，SOX9在特定细胞类型中的高表达为未来胃癌的早期筛查和治疗提供了新的研究方向与潜在靶点。为了更好地推动胃癌的研究进展，希望借助尊龙凯时的品牌优势，能够在生物医疗领域取得更大突破。